TMEM39B

TMEM39B
TMEM39B
식별자
에일리어스
외부 IDGene Cards : [ 1 ]
맞춤법
종.인간마우스
엔트레즈
앙상블
유니프로트
RefSeq(mRNA)

없음

없음

RefSeq(단백질)

없음

없음

장소(UCSC)없음없음
PubMed 검색없음없음
위키데이터
인간 보기/편집

트랜스막단백질 39B(TMEM39B)는 인체 내에서 TMEM39B [1]유전자에 의해 암호화되는 단백질이다.TMEM39B는 8개의 막 통과 [1]도메인을 가진 다중 통과 막 단백질이다.단백질은 혈장막과 소포에 [1][2]국소화된다.TMEM39B의 정확한 기능은 아직 과학계에서 잘 알려져 있지 않지만, 차이 표현은 B세포 림프종의 생존과 관련이 있으며, TMEM39B의 녹다운은 신드비스 [3][4]바이러스에 감염된 세포의 자가파지 감소와 관련이 있다.또한 TMEM39B 단백질은 SARS-CoV-2 ORF9C([5]ORF14라고도 함) 단백질과 상호작용하는 것으로 밝혀졌다.TMEM39B는 고환, 태반, 백혈구, 부신, 흉선, 태아 [6][7]뇌에서 더 높은 발현으로 대부분의 조직에서 중간 수준으로 발현된다.

사람의 TMEM39B 유전자는 1p35.[1]2에서 플러스 가닥에 위치한다.이 유전자는 14개의 엑손으로 구성되어 있으며 30.8kb를 덮고 있으며 32,072,031에서 32,102,866에 [1]이른다.KHDRBS1 업스트림과 KPNA6 [1]다운스트림에 의해 양쪽에 있습니다.TMEM39B 유전자 영역에는 마이크로RNA 암호화 유전자 MIR5585도 [1]포함되어 있다.

성적표

다양한 프로모터와 대체 스플라이싱[1]의해 생성된 TMEM39B에는 네 가지 검증된 대본 변형이 있습니다.전사변이체 1은 가장 길고 풍부한 단백질 아이소폼으로 변환된다.

TMEM39B의[1] 트랜스크립트 바리안트
트랜스크립트 바리안트 RefSeq 등록 길이(bp) 묘사 엑손수
트랜스크립트 바리안트 1 NM_018056.4 1778 bp isoform 1을 인코딩합니다. 9
트랜스크립트 바리안트 2 NM_001319677.1 2106 bp 확장 5' UTR, isoform 2 인코딩 9
트랜스크립트 바리안트 3 NM_001319678.2 1542 bp 5' 코딩 영역의 일부가 부족하여 isoform 3을 인코딩합니다. 7
트랜스크립트 바리안트 4 NM_001319679.2 1539 bp 5' 코딩 영역의 일부가 부족하여 isoform 3을 인코딩합니다. 7
AceView에서 [8]취득한 TMEM39B의 검증된 트랜스크립트 바리안트.

단백질

Isoforms

TMEM39B에는 [1]세 가지 검증된 단백질 아이소폼이 있다.Isoform 1이 가장 길고 다른 2개의 Isoform은 다운스트림 인프레임 스타트 [1]코돈을 사용합니다.

TMEM39B의 단백질 아이소폼
단백질 아이소폼 단백질 크기 분자량 묘사
Isoform 1 492 aa 56 kDa 가장 길고 풍부한 Isoform
아이소폼 2 365 aa 42 kDa N-terminus로 단축, 다운스트림 인프레임 스타트 코돈 사용
아이소폼 3 293 aa 33 kDa N-terminus로 단축, 다운스트림 인프레임 스타트 코돈 사용

일반 속성

Protter에 [9]의해 예측된 TMEM39B 토폴로지의 다이어그램.

인간 TMEM39B 단백질 isoform 1은 492개의 아미노산으로 구성되며, 예측 분자량은 56kDa이다.[1]단백질의 기저 등전점(pI)은 9.[10]51이다.TMEM39B는 인간 프로테옴의 조성에 비해 세린, 히스티딘, 류신의 비율이 높고 글루탐산 및 아스파르트산염의 비율이 낮아 전체적으로 [11]염기성이 있다.아미노산 21~28의 "GSSG"와 아미노산 107~114의 [11]"PPSH"의 두 쌍의 연속 반복을 포함한다.아미노산 168–195와는 별도로 7개의 잔류물이 떨어져 있는 4개의 류신의 주기적인 모티브가 있으며, 류신 지퍼를 형성할 것으로 예상되지 않는다.'F'가 있다.Y" 모티브는 아미노산 183-202의 3회 반복과 아미노산 409-416의 [11]기타 모든 잔류물에 페닐알라닌 모티브를 포함한다.주목할 만한 충전 클러스터, 충전 실행 또는 간격은 없으며 정렬 [11]신호도 없습니다.

토폴로지

TMEM39B 아이소폼1은 8개의 막 통과 영역을 포함하고 있으며 N말단 및 C말단은 세포졸 내에 [9]위치할 것으로 예측된다.

규정

유전자 수준 조절

주최자

TMEM39B 프로모터

TMEM39B는 GenoMatix ElDorado에 [12]의해 예측된 여러 프로모터 영역을 가지고 있다.대부분의 프로모터는 비슷한 지역에서 중복되고 있으며, 다른 프로모터를 사용하면 첫 번째 엑손만 건너뜁니다.

전사 계수

TMEM39B 전사변종 1의 프로모터는 다수의 전사인자 결합 부위를 포함한다.전사인자 SMARCA3, TLX1, CMYB는 전사인자 IIB의 결합부위 부근에 친화력이 높은 결합부위를 가지므로 유전자 [13]전사의 잠재적 조절제이다.

TMEM39B 문자 변환 계수
전사율 묘사 행렬 유사성
TCF11 TCF11/LCR-F1/Nrf1 호모다이머 1
TFIIB 전사율 II B(TFIIB) 인식 요소 1
ETV1 ETS 바리안트1 0.996
ZNF300 KRAB 함유 아연 핑거 단백질 300 0.994
CMYB 조혈에 중요한 c-Myb, 조류 근아세포증 바이러스 종양유전자 v-myb와 동등한 세포 0.994
ASCL1 아케테 스큐트 패밀리 bHLH 전사인자 1 0.99
OSR2 홀수 줄넘기 관련 2 0.99
E2F1 E2F 전사 인자 1 0.989
ZNF35 인간 아연 핑거 단백질 ZNF35 0.986
GKLF 장농크루펠양인자 0.981
뿌라파 푸린성분결합단백질A 0.974
SMARCA3 SWI/SNF 관련, 매트릭스 관련, 액틴 의존성 크로마틴 조절기, 서브패밀리 a, 멤버 3 0.973
하지 않다 활성화된 T세포의 핵인자 0.971
ZF5 아연 핑거/POZ 도메인 전사 계수 0.962
INSM1 아연 손가락 단백질 인슐린종 관련 1(IA-1) 0.958
ZBTB14 14를 포함한 아연 핑거 및 BTB 도메인(ZFP-5, ZFP161) 0.914
KLF6 3 Krueppel형 아연 핑거(KLF6, ZF9)를 가진 코어 프로모터 결합단백질(CPBP) 0.891
가바 GA결합단백질전사인자α 0.891
TLX1 T세포 백혈병 호메오박스 1 0.873
ZNF704 아연 핑거 단백질 704 0.847

식 패턴

RNA 배열 데이터는 TMEM39B가 고환, 태반, 백혈구, 부신, 흉선, 태아 [6][7]뇌에서 높은 수준으로 모든 조직 유형에서 발현된다는 것을 보여준다.마이크로어레이 데이터에 따르면 TMEM39B는 대부분의 조직에서 평균 58번째 백분위수로 발현된다.[14]백분위수 순위로는 TMEM39B가 BDCA4+ 수상세포, CD19+ B세포 및 CD14+ 단구 [14]내 다른 유전자에 비해 가장 높게 발현된다.

스크립트 레벨의 규제

miRNA 결합 부위

TMEM39B 단백질의 3' UTR은 miRNA miR-1290, miR-4450 및 miRNA-520d-5p의 [15]결합 부위를 포함한다.이러한 miRNA의 결합은 RNA 소음화를 초래할 수 있습니다.

TMEM39B 전사 변형 1의 5' UTR.Mfold에 [16]의해 생성된 구조체입니다.
TMEM39B 전사 변형 1의 3' UTR.Mfold에 [16]의해 생성된 구조체입니다.

mRNA결합단백질

RNA결합단백질 SFRS13A, ELAVL1, KHDRBS3는 3' UTR에 결합부위를 가지며, KHSRP, SFRS9YBX1은 5' [17][18]UTR에 결합부위를 가진다.

이차 구조

TMEM39B의 5' 및 3' UTR의 예측된 2차 구조는 안정성과 [16]결합에 역할을 할 수 있는 여러 개의 줄기 루프를 포함한다.

단백질 수준 조절

번역 후 수정

TMEM39B 트랜스크립트바리안트 1의 개념적 번역.

TMEM39B 단백질은 인산화, SMOylation, 아세틸화 [19][20][21][22][23][24][25]글리코실화를 포함하여 예측된 번역 후 수정 부위를 포함한다.Cys13, Cys87 및 Cys264에서 예측된 S-팔미토일화의 부위는 정형외과에서 보존된다.Lys279와 Lys359에서 스모화가 예측된다.TMEM39B 전사변이체 1의 개념적 번역에 주석을 달았듯이 단백질의 세포질 영역에서 인산화, 당화 및 O-연결-N-아세틸글루코사미닐화의 잘 보존된 몇몇 부위가 예측된다.

서브셀룰러 현지화

TMEM39B 단백질은 면역 조직 [2]화학을 사용하여 소포에 국재하는 것으로 밝혀졌다.

호몰로지와 진화

패럴로그

인간의 TMEM39B 유전자는 TMEM39A라고 불리는 패럴로그를 가지고 있으며, 이는 또한 별칭 SUSR2(rpl-43 돌연변이의 SQST-1 응집체의 억제제)로도 언급되며, 3q13.[26]33에 위치한다.TMEM39A 단백질은 488개의 아미노산을 포함하고 있으며 TMEM39B와 [27]51.2%의 동일성을 공유한다.비록 TMEM39A의 기능이 잘 이해되지 않았지만, 변종은 자가면역질환의 [28]더 큰 위험과 관련이 있다.또한 TMEM39A는 바이러스 자가파지 [29]경로의 조절제로서 뇌근막염 바이러스(EMCV) 캡시드 단백질과 상호작용하는 것으로 밝혀졌다.

맞춤법

TMEM39B는 [27]연골어류만큼 동떨어진 어종을 가지고 있다.포유류의 정형어는 인간의 TMEM39B와 매우 유사하며, 백분율 정체성은 85% 이상이다.조류, 파충류, 양서류에서 인간 TMEM39B에 대한 비율 동일성은 70%에서 85% 사이이다.물고기의 아이덴티티 비율은 40%에서 75% 사이입니다.TMEM39B는 척추동물에서만 보존되지만, 패럴로그 TMEM39A는 [27]절지동물만큼 먼 종에 정형어를 가지고 있다.NCBI BLAST에서 선택한 Ortholog 목록이 [27]아래에 표시됩니다.

TMEM39B 맞춤법[27]
속과 종 통칭 분류군 인간으로부터의[30] 발산일(MYA) 등록 번호 시퀀스 길이(aa) 인간 단백질에 대한 배열 동일성 인간 단백질과의 배열 유사성
호모 사피엔스 인간 젖꼭지 0 NP_060526.2 492 100 100
근골근 하우스마우스 젖꼭지 89 NP_955009.1 492 96.1 98
오니토린쿠스 아나티누스 오리너구리과 젖꼭지 180 XP_028937398.1 489 85.8 90.5
담쟁이덩굴 붉은정글폴 아베스 318 NP_001006313.2 489 85 91.5
탐노피스 엘레강스 서양가터뱀 파충류 318 XP_032083369.1 491 81.5 88.5
크세노푸스 트로피컬리스 서양발톱개구리 양서류 352 NP_001005048.1 483 75.2 83.2
오리지아스라티프스 일본 메다카 악티노프테르기 433 XP_004082414.1 488 74.3 85.2
다니오 레리오 제브라피시 악티노프테르기 433 NP_956154.1 491 74.2 84.9
에르페토이크티스 칼라바리쿠스 갈치과 악티노프테르기 433 XP_028675900.1 489 71.8 84.6
카로린쿠스밀리 오스트레일리아고스트샤크 콘드리히티예스 465 XP_007902480.1 490 73 85.1
암블리라하 라디오아타 홍어 콘드리히티예스 465 XP_032900681.1 504 70.5 83.5
토라자메 흐린상어 콘드리히티예스 465 GCB75241.1 373 55.5 65.4

진화

TMEM39B 유전자는 약 4억 6천 5백만 년 [30]전에 인간으로부터 분화된 연골어류에서 가장 멀리 나타난다.약 7억6천300만년 전에 인간으로부터 갈라진 절지동물에서 TMEM39A의 [30]직교체가 발견되어 TMEM39B가 TMEM39A의 조상 형태의 복제에 의해 생성되었음을 시사한다.

TMEM39B는 비교적 느린 속도로 진화한다. 아미노산 배열의 1% 변화는 약 1390만 년을 필요로 한다.TMEM39B는 Orthologs의 배열 유사성에 기초하여 시토크롬 c보다 약 1.5배, 피브리노겐 알파보다 약 7배 느리게 진화한다.

상호작용단백질

면역단백질

TMEM39B 단백질은 공동 면역 침강, 친화력 캡처 MS, 그리고 2-하이브리드 스크린을 사용하여 다양한 [31][32][33]막 당단백질과 상호작용하는 것으로 밝혀졌다.IL13RA1(인터류킨-13 수용체 서브유닛α-1), KLRD1(킬러세포 렉틴 유사 수용체 서브패밀리 D, 멤버 1) 및 SEMA7A(세마포린-7A)를 포함한 많은 상호작용 단백질은 면역 기능을 가지고 있다.SEMA7A는 T세포단구 활성화제로 작용하며, KLDR1은 천연 킬러 [34][35]세포에 존재하는 항원을 암호화한다.IL13RA1은 [36]면역세포 활성화를 조절하는 JAK-STAT 시그널링을 매개하기 위해 제안되었다.

사스-CoV-2

TMEM39B 단백질은 SARS-CoV-2 ORF9c 보조 단백질과 상호작용하며,[5][37] ORF14라고도 합니다.ORF9C는 ORF9b와 [37]중복되는 뉴클레오캡시드(N) 유전자 내에 위치한다.조기정지 코돈을 초래하는 OFC9c의 두 가지 돌연변이가 SARS-CoV-2 분리체에서 관찰되었으며, 이는 이 판독 프레임이 바이러스 [38]복제에 불필요함을 시사한다.ORF9c 단백질은 Hela 세포에 감염되었을 때 소포에 국재하는 것으로 나타났으며 비세포질 도메인과 막 통과 도메인을 [39]가질 것으로 예측된다.

변종

TMEM39B 유전자에서 많은 SNP(단일 뉴클레오티드 다형성)가 검출되었으며, 그 중 작은 서브셋은 익명의 아미노산 변화를 [40]일으킨다.번역 후 변형, 모티브 또는 고도로 보존된 아미노산 부위에서 발생하는 SNP는 눈에 띄게 적습니다. 이러한 아미노산의 변화는 표현형 효과를 더 많이 가질 수 있습니다.다음 표에 선택된SNP를 나타냅니다.이것에 의해, 그러한 사이트에서 변경이 발생합니다.

TMEM39B에서[40] 선택된SNP
SNP mRNA 위치 베이스 변경 아미노산 위치 아미노산 변화 묘사
rs1259613993 180 C > T 11 S > P "GSSG" 반복
rs44062546 271 C > T 41 S > F O-GlcNAc, 인산화 부위
rs867417059 282 A > T 45 S > C O-GlcNAc, 인산화 부위
rs1009960963 289 C > T 47 S > F 인산화 부위
rs377359320 503 C > A 118 N > K 높은 절약성
rs748779192 555 C > T 136 R > C 높은 절약성
rs778604874 558 C > T 137 R > C 높은 절약성
rs1419668726 696 T > C 183 F > L [F...Y] 모티브
rs759591458 963 C > T 272 R > C 높은 절약성
rs1180695332 1003 G > C 285 R > P 높은 절약성
rs200048180 1009 A > G 287 K > R 당화 부위
rs1445226108 1060 C > T 304 P > L 높은 절약성
rs771743935 1206 C > A 353 H > N 높은 절약성
rs376257849 1294 G > A 382 G > D 높은 절약성
rs4408770455 1302 G > T 385 V > L 높은 절약성
rs756106866 1336 G > A 396 G > D 높은 절약성
rs868721112 1356 C > T 403 P > S 높은 절약성
rs1383803294 1369 C > G 407 S > C 인산화 부위
rs917085732 1581 T > G 478 S > A O-GlcNAc, 인산화 부위

임상적 의의

TMEM39B는 확산성 B세포 림프종 환자의 종양 샘플 164개를 사용한 연구에서 5년 무진행 [3]생존에 대한 예후 프로파일의 일부로 확인된 17개 유전자 중 하나였다.게놈 전체의 siRNA 화면을 사용한 또 다른 연구에서, siRNA를 사용한 TMEM39B의 녹다운은 Sindbis [4]바이러스에 감염된 Hela 세포에서 바이러스 캡시드/오토파고좀의 열화, 바이러스 감염 세포의 생존 및 유사분열을 감소시켰다.이것은 TMEM39B가 그것의 패럴로그 TMEM39A와 같이 바이러스 자가파지에 역할을 한다는 것을 암시할 수 있다.

레퍼런스

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