This is a good article. Click here for more information.

로버트 더크스

Robert Dirks
로버트 더크스
A man with short black hair and glasses seen from the neck up, where part of his gray T-shirt is visible. There are green leaves behind him
2014년 가족사진의 나그네쥐
태어난(1978-05-29)1978년 5월 29일
태국 방콕
죽은2015년 2월 3일(2015-02-03) (36세)
미국 뉴욕 발할라
사망원인발할라 열차 충돌 사고
국적중국계 미국인,
태국계 미국인
교육2000년 A.B. 와바시 칼리지
2005년 칼텍 박사
배우자크리스틴 우에다
아이들.2
과학 경력
필드계산화학, DNA 나노기술
기관칼텍, D. E. 쇼 리서치
논문핵산 소자의 분석, 설계 및 시공 (2005)
어드바이저나일스 피어스

로버트 더크스(Robert Dirks, 1978년 5월 29일 ~ 2015년 2월 3일)는 DNA 나노기술에 관한 이론 및 실험적인 연구로 유명한 미국의 화학자였다.태국에서 태국의 중국인 어머니와 미국인 아버지 사이에서 태어난 그는 어린 나이에 워싱턴주 스포캔으로 이사했다.Dirks는 캘리포니아 공과대학에 있는 Niles Pierce의 연구 그룹의 첫 번째 대학원생이었는데, 그의 논문은 핵산 열역학을 분석하고 그 구조를 예측하는 알고리즘과 계산 도구에 관한 것이었다.그는 또한 핵산 소자를 자체 조립하기 위한 생화학 체인 반응을 개발하는 실험적인 작업을 수행했다.Dirks는 후에 D. E. Shaw Research에서 새로운 약품을 설계하는 데 사용될 수 있는 단백질 접힘 알고리즘에 대해 연구했다.

2015년 2월 디르크스는 메트로-노스 철도 역사상 가장 치명적인 사고인 발할라 열차 사고로 사망했다.그를 기리기 위해 분자프로그래밍 연구에서의 조기경력 업적에 대한 상이 제정되었다.

초년기

Dirks는 1978년 태국 방콕에서 태어났다.[1]당시 은행에서 일했던 태국계 중국인 여성인 어머니 수리와 아버지 마이클 더크스 씨는 미국에서 모집한 방콕 국제학교 수학 교사였다.[2][3]형[3] 윌리엄을 비롯한 가족은 아버지가 브리티시 컬럼비아 대학에서 수학 교육 박사과정을 밟을 수 있도록 캐나다 브리티시 컬럼비아 주 밴쿠버로 다시 이사했다.[4][5]4년 후, 그 가족은 마이클의 고향인 워싱턴의 스포캔에 정착했고, 그곳에서 마이클은 노스 센트럴 고등학교와 스포캔 폴스 커뮤니티 칼리지에서 수학을 가르치는 직업을 가졌다.[1][6]

로버트는 루이스와 클라크 고등학교에 다녔는데, 그는 많은 수학 대회에 참가하고 우승하는 등 학업적으로 뛰어난 성적을 거두었다.그는 3학년이 되기 전 여름 동안 워싱턴 대학에서 심혈관 연구를 하도록 선택되었다.그 해 동안, 그는 Advanced Placement 시험 때마다 최고 점수인 5점을 받았고, 1996년에 졸업생 대표로 선발되었다.[6]졸업 직후 로버트와 그의 급우들 중 세 명은 디스커버리비전 전국 과학 경연대회의 세 명의 고등학교 우승자 중 한 명으로서, 그들과 그들의 가족들이 워싱턴 D.C.로 여행을 가게 했다.그들의 프로젝트의 주제는 나노기술의 미래였다.[7][8]

비록 그는 매사추세츠 공과대학에 합격했지만, 대신 인디애나주 크로포드스빌에 있는 와바시 칼리지에 다니는 것을 선택했다.[6]그는 2000년에[1] 와바쉬에서 화학과 수학을 복수 전공으로 수석으로 졸업했고 파이 베타 카파 우등으로 졸업했다.[9][6]그는 또한 바순, 클라리넷, 피아노를 연주하면서 생물학과 음악에서 두 명의 미성년자를 했다.[6]

그 후 그는 캘리포니아 패서디나에 있는 캘리포니아 공과대학에서 화학을 전공하기 시작했다.그는 2005년에 박사학위를 받았고 칼텍에서 박사후 펠로우십을 위해 남아있었다.그곳에서 그는 그의 아내가 된 또 다른 박사과정 학생인 크리스틴 우에다를 만났다.[1]

리서치

Dirks는 다중 가닥(상단)과 가성(하단)을 포함한 핵산 구조의 특정 등급의 구조와 열역학을 예측하기 위한 알고리즘과 연산 도구를 개발했다.

Dirks는 칼텍의 Niles Pierce 실험실의 첫 번째 대학원생이었다.[6]그의 논문은 "핵산 소자의 분석, 설계 및 구성"이라는 제목이 붙었다.[10]

Dirks의 연산 화학 연구는 핵산 열역학 분석과 핵산 구조 예측을 위한 알고리즘과 연산 도구를 만드는 것을 포함했다.[11]Dirks는 통계 파티션 함수의 계산을 통해 기본 쌍 구성 확률을 생성하는 [12]핵산 설계 및 분석 도구들의 NUPAK 집합에 대한 초기 코드를 작성했다.[13]NUPACK은 다른 구조물 예측 툴과 달리 한두 개로 제한되지 않고 임의의 수의 상호 작용 가닥을 처리할 수 있다.Dirks는 또한 특정 유형의 가성비를 효율적으로 처리할 수 있는 알고리즘을 개발했는데, 이는 NUPACK은 단일 RNA 가닥에 대해서만 이 능력을 구현하지만, 분석하기에 더 계산적으로 집약적인 구조의 한 종류다.[13][14][15]

그의 실험적인 연구는 분자 입력을 조건으로 한 핵산 구조의 자기 결합을 최초로 실증하는 하이브리드화 연쇄 반응법을 개척했다.[11]이 방법은 DNA 헤어핀을 DNA 기계의 "연료"로 사용하려는 시도에서 비롯되었지만, Dirks와 Pierce는 그것들이 대신 신호 증폭에 사용될 수 있고, Aptamer와 함께 사용될 때 바이오센서로서 사용될 수 있다는 것을 깨달았다.[16]효소가 없는 등온법으로서, 그것은 나중에 면역측정법의 기초로서,[17] 유전자 발현의 상황혼합화 영상과 촉매, DNA 나노구조의 등온 자가조립의 기초로서 응용을 발견했다.[18][19]

이후 Dirks는 2006년부터 맨하탄의 D. E. Shaw Research에서 신약 설계를 위한 계산 단백질 구조 예측 방법을[20] 개발했다.[1]

만년의 삶과 죽음

디르크스와 우에다는 2007년에 결혼했다.그녀는 처음에 D. E. Shaw Research에서도 일했지만, 2010년 두 아이 중 첫 번째 아이를 키우기 위해 그만두었다.이 커플은 뉴욕주 차파쿠아 웨스트체스터 카운티 교외에 정착했다.일찍 일어나 메트로-북철도의 할렘선을 통해 직장으로 출근했고, 늦게 돌아왔지만 저녁과 주말에는 가능한 한 많은 시간을 아이들에게 바쳤다.[6]

2015년 2월 3일, 디르크스는 발할라 열차 사고로 사망했다.차파쿠아 역에서 남쪽으로 5마일(8.0km) 떨어진 발할라 북쪽을 가로지르는 경사에서 SUV를 들이받았을 [3]때 동생이 더 조용한 분위기를 이용하기 위해 그랬을 것으로 보인다고 말하는 열차 앞차를 타고 귀가하던 중이었다.열차가 정차해 있는 동안 SUV를 질질 끌며 앞차에 쌓인 3차 레일 구간이 느슨해졌다.더크스, SUV 운전자 등 4명이 사망해 메트로-노스 역사상 가장 치명적인 사고가 됐다.[21]

그의 죽음에 대한 반응은 여러 방면에서 나왔고, 많은 사람들은 그의 과학적 능력에 경의를 표했다.그의 아버지는 "그는 항상 모든 것을 처음 받았다"고 회상했다.늘 뛰어났다고 말했다.루이스와 클라크의 더크스의 수학 선생님인 그렉 샘슨은 그의 제자가 삼각법에서 고급수업을 단 2주 만에 끝냈을 때, 그의 다른 제자가 "그는 그저 놀랍고 놀라운 학생이었을 뿐"이라며 한 적이 없는 것을 기억했다.나일스 피어스는 더크스가 어떻게 기꺼이 젊은 교수와 함께 일할 수 있었는지 회상했다.그는 "칼텍에게조차 특이한 학생"이라고 말했다.그의 고용주인 D. E. Shaw Research는 그를 "우리 자신의 연구와 더 넓은 과학계에 엄청난 공헌을 한 뛰어난 과학자"[1]라고 불렀다.[6]

2015년 4월 DNA 나노기술과 DNA 컴퓨팅의 주요 과학 단체인 국제나노스케일과학, 연산, 엔지니어링 협회(ISNSE)가 분자 프로그래밍 연구를 위한 초기 경력 과학자들을 인정하기 위해 로버트 더크스 분자 프로그래밍 상을 제정했다.[22]1등은 2016년에 수여되었다.2016년 6월 현재, 10만 달러의 기부금을 설립하기 위한 모금이 진행 중이다.[23]

주목할 만한 작품

  • Dirks, R. M.; Pierce, N. A. (2003). "A partition function algorithm for nucleic acid secondary structure including pseudoknots" (PDF). Journal of Computational Chemistry. 24 (13): 1664–1677. doi:10.1002/jcc.10296. PMID 12926009. S2CID 323817.
  • Dirks, R. M.; Pierce, N. A. (2004). "Triggered amplification by hybridization chain reaction". Proceedings of the National Academy of Sciences. 101 (43): 15275–15278. Bibcode:2004PNAS..10115275D. doi:10.1073/pnas.0407024101. PMC 524468. PMID 15492210.
  • Dirks, R. M.; Bois, J. S.; Schaeffer, J. M.; Winfree, E.; Pierce, N. A. (2007). "Thermodynamic Analysis of Interacting Nucleic Acid Strands". SIAM Review. 49 (1): 65–88. Bibcode:2007SIAMR..49...65D. CiteSeerX 10.1.1.523.4764. doi:10.1137/060651100.
  • Piana, S.; Lindorff-Larsen, K.; Dirks, R. M.; Salmon, J. K.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. (2012). "Evaluating the Effects of Cutoffs and Treatment of Long-range Electrostatics in Protein Folding Simulations". PLOS ONE. 7 (6): e39918. Bibcode:2012PLoSO...739918P. doi:10.1371/journal.pone.0039918. PMC 3386949. PMID 22768169.

참고 항목

참조

  1. ^ a b c d e f Miller, Stephen (February 5, 2015). "Robert Dirks, Scientist at D.E. Shaw Research, Dies at 36". Bloomberg News. Retrieved April 5, 2015.
  2. ^ Dirks, Mike (2008-11-29). "Geithner's interest in math started as teen". The Spokesman-Review. Retrieved 2016-06-13.
  3. ^ a b c Armaghan, Sarah (February 5, 2015). "Robert Michael Dirks, one of five passengers killed in Metro-North crash, was accomplished scientist and devoted father". Newsday. Retrieved April 6, 2015.
  4. ^ Janos, Adam; Morris, Keiko (2015-02-06). "Three Victims of Metro-North Crash: All Men, Each Bringing His Best". Wall Street Journal. ISSN 0099-9660. Retrieved 2016-06-13.
  5. ^ "A life begun in Bangkok ends in fiery New York train wreck". Bangkok Post. February 6, 2015. Retrieved April 5, 2015.
  6. ^ a b c d e f g h Culver, Nina (February 5, 2015). "Robert Dirks, the LC grad who died in train crash, was a family man with 'unusual talent'". The Spokesman-Review. Spokane, WA. Retrieved April 5, 2015.
  7. ^ Fernandez, Maisy (1996-06-16). "Francoise Kuester Chosen Gu's Teacher Of The Year". The Spokesman-Review. Retrieved 2015-07-13.
  8. ^ Johnson, Carla K. (1996-03-23). "Teens Are Cranked On Atomic Energy Lewis And Clark Students Honored For Vision Of How Nanotechnology Can Shape Future". Spokesman.com. Retrieved 2016-06-13.
  9. ^ "Robert Dirks". D. E. Shaw Research. Archived from the original on 2015-06-30. Retrieved April 6, 2015.
  10. ^ Dirks, Robert (2005). Analysis, design, and construction of nucleic acid devices (phd). California Institute of Technology. doi:10.7907/VZ43-FM66. Retrieved 27 February 2015.
  11. ^ a b "The Pierce Lab". California Institute of Technology. Archived from the original on 11 February 2015. Retrieved 26 February 2015.
  12. ^ "NUPACK: Nucleic Acid Package". California Institute of Technology. Archived from the original on 23 February 2015. Retrieved 26 February 2015.
  13. ^ a b Andersen, Ebbe Sloth (2010). "Prediction and design of DNA and RNA structures". New Biotechnology. 27 (3): 184–193. doi:10.1016/j.nbt.2010.02.012. PMID 20193785.
  14. ^ Bindewald, Eckart; Afonin, Kirill; Jaeger, Luc; Shapiro, Bruce A. (2011). "Multi-Strand RNA Secondary Structure Prediction and Nanostructure Design including Pseudoknots". ACS Nano. 5 (12): 9542–9551. doi:10.1021/nn202666w. PMC 3263976. PMID 22067111.
  15. ^ Schroeder, Susan J. (2009). "Advances in RNA Structure Prediction from Sequence: New Tools for Generating Hypotheses about Viral RNA Structure-Function Relationships". Journal of Virology. 83 (13): 6326–6334. doi:10.1128/JVI.00251-09. PMC 2698544. PMID 19369331.
  16. ^ Evenko, Daniel (2004). "Hybridization chain reaction". Nature Methods. 1 (3): 186–187. doi:10.1038/nmeth1204-186a. S2CID 619697.
  17. ^ Deng, Y.; Nie, J.; Zhang, X. H.; Zhao, M. Z.; Zhou, Y. L.; Zhang, X. X. (2014). "Hybridization chain reaction-based fluorescence immunoassay using DNA intercalating dye for signal readout". The Analyst. 139 (13): 3378–83. Bibcode:2014Ana...139.3378D. doi:10.1039/C4AN00190G. PMID 24828400. S2CID 26110015.
  18. ^ Choi, H. M. T.; Beck, V. A.; Pierce, N. A. (2014). "Next-Generation in Situ Hybridization Chain Reaction: Higher Gain, Lower Cost, Greater Durability". ACS Nano. 8 (5): 4284–4294. doi:10.1021/nn405717p. PMC 4046802. PMID 24712299.
  19. ^ Yin, P.; Choi, H. M. T.; Calvert, C. R.; Pierce, N. A. (2008). "Programming biomolecular self-assembly pathways" (PDF). Nature. 451 (7176): 318–322. Bibcode:2008Natur.451..318Y. doi:10.1038/nature06451. PMID 18202654. S2CID 4354536.
  20. ^ Yee, Vivian (5 February 2015). "The Lives of 3 Crash Victims Who Shared a Metro-North Routine". The New York Times. Retrieved 27 February 2015.
  21. ^ Santora, Marc; Flegenheimer, Matt (February 4, 2015). "Investigation Underway in Metro-North Train Crash". New York Times. Retrieved April 7, 2015.
  22. ^ "Robert Dirks '00 memorial prize announced". Wabash College. 1 May 2015. Retrieved 5 May 2015.
  23. ^ "The Dirks Prize Fund". California Institute of Technology. Retrieved 2016-06-13.