PDBWiki
PDBWikiPDBWiki는 단백질 구조 주석의 사용자 기여 데이터베이스로 기능하는 위키로, 단백질 데이터 뱅크(PDB)에서 이용 가능한 모든 단백질 구조를 나열했습니다.2007년부터 [1][2]2013년까지 미디어위키 위키 어플리케이션에서 실행되었다.웹사이트는 2014년에 오프라인이 되어, 투고된 정보에 액세스 할 수 있는 방법이 없었습니다.PDBWiki는 50,000개 이상의 단백질 구조와 50개 이상의 '사용자 기여' 주석의 세부사항을 포함하였고, 구조 생물학계의 [citation needed]중요한 자원이 되었다.
동기
단백질 데이터 뱅크(PDB)는 실험적으로 해결된 생체 분자 구조의 중앙 아카이브입니다.그러나 PDB는 데이터 검색만 허용하며 협업이나 사용자 피드백을 위한 기능은 제공하지 않습니다.반대로 PDBWiki는 PDB에 축적된 구조에 대한 전문 지식을 공유할 수 있습니다.그것은 협력적인 방법으로 단백질을 토론하고 주석을 달기 위한 도구를 제공한다.목표는 PDB 구조를 사용하는 모든 사용자에게 유용한 사용자가 제공하는 정보의 자유롭게 액세스할 수 있는 중앙 저장소를 만드는 것입니다.이와 같이 PDBWiki는 지역사회 기반 생물학적 데이터베이스 [3][4]큐레이션의 광범위한 노력의 일부로 간주될 수 있다.
대해서
PDBWiki는 BioWiki 이니셔티브의 일환으로 개발되었으며, BiO가 주관하는 제3회 국제 오픈 프리 바이오 정보 콘텐츠 대회에 참가했습니다.KOB가 운영하는 생체정보 사이트 CCIC.
웹사이트는 2014년 1월에 오프라인 상태가 되었고, 대신 유사한 위키 기반 구조 생물학 데이터베이스 프로젝트인 Proteopedia로 수정되는 공지로 대체되었다.
「 」를 참조해 주세요.
레퍼런스
- ^ Stehr, H.; Duarte, J.M.; Lappe, M.; Bhak, J.; Bolser, D.M. (2010-03-20), "PDBWiki: added value through community annotation of the Protein Data Bank", Database the Journal of Biological Databases and Curation, vol. 2010, pp. baq009, doi:10.1093/database/baq009, PMC 2911844, PMID 20624717
- ^ PDBWiki press release (in German), Max Planck Institute for Molecular Genetics, 2007-10-05, archived from the original on 2007-11-12, retrieved 2008-06-17
- ^ Hu, James C.; Aramayo, R; Bolser, DM; Conway, T; Elsik, CG; Gribskov, M; Kelder, T; Kihara, D; Knight Jr, TF (2008-06-06), "The Emerging World of Wikis", Science, vol. 320, no. 5881, pp. 1289–90, doi:10.1126/science.320.5881.1289b, PMID 18535227, S2CID 206580672
- ^ Stehr, H.; Duarte, J.M.; Lappe, M.; Bhak, J.; Bolser, D.M. (2009-04-22), "PDBWiki", Nature Precedings, Berlin, Germany, doi:10.1038/npre.2009.3123.1
외부 링크
- PDBWiki 홈페이지
- PDBWiki 정보
- 전 세계 단백질 데이터 뱅크
