리신 리보스위치

Lysine riboswitch
리신 리보스위치
RF00168.jpg
리신 리보스위치의 2차 구조 및 배열 보존 예측
식별자
기호.리신
RfamRF00168
기타 데이터
RNA형Cis-reg; 리보스위치
도메인박테리아
그렇게SO:0000035
PDB 구조PDBe

리신 리보스위치는 아미노산 리신의 정밀 센서 역할을 하는 특정 메신저 RNA에서 발견되는 대사물 결합 RNA 요소입니다.mRNA 구조의 알로스테릭 전위는 리간드 결합에 의해 매개되며, 이는 유전자 [1]발현을 변조시킨다.리신 리보스위치는 바실로타와 감마프로테오박테리아에서 가장 많이 발견되며 리신 생합성, 수송 및 [2][3][4]이화작용에 관여하는 여러 유전자의 상류에서 발견된다.리신 리보스위치도 독립적으로 식별되어 [5]L박스라고 불립니다.

구조.

리신 리보스위치의 구조는 최근에 [6][7]결정되었다.리신 아미노산은 5원 접합에 의해 형성된 포켓에 결합되어 있다.구조물은 5방향 접합부에 의해 결합된 3개의 나선 다발과 2개의 나선 다발로 구성된다.헬리클 1, 2는 헬리클 4, 5와 마찬가지로 콜린상으로 적층되어 있다.

  • A 3D representation of the lysine riboswitch with a bound lysine molecule shown in space filling spheres.[6]

    공간을 채우는 [6]구에 표시된 결합 리신 분자를 가진 리신 리보스위치의 3D 표현.

레퍼런스

  1. ^ Mandal, M; Boese B; Barrick JE; Winkler WC; Breaker RR (2003). "Riboswitches Control Fundamental Biochemical Pathways in Bacillus subtilis and Other Bacteria". Cell. 113 (5): 577–586. doi:10.1016/S0092-8674(03)00391-X. PMID 12787499. S2CID 8012149.
  2. ^ Sudarsan, N; Wickiser JK; Nakamura S; Ebert MS; Breaker RR (2003). "An mRNA structure in bacteria that controls gene expression by binding lysine". Genes Dev. 17 (21): 2688–2697. doi:10.1101/gad.1140003. PMC 280618. PMID 14597663.
  3. ^ Rodionov, DA; Vitreschak AG; Mironov AA; Gelfand MS (2003). "Regulation of lysine biosynthesis and transport genes in bacteria: yet another RNA riboswitch?". Nucleic Acids Res. 31 (23): 6748–6757. doi:10.1093/nar/gkg900. PMC 290268. PMID 14627808.
  4. ^ Mukherjee, S; Barash D; Sengupta S (2017). "Comparative genomics and phylogenomic analyses of lysine riboswitch distributions in bacteria". PLOS ONE. 12 (9): e0184314. doi:10.1371/journal.pone.0184314. PMC 5584792. PMID 28873470.
  5. ^ Grundy, FJ; Lehman SC; Henkin TM (2003). "The L box regulon: Lysine sensing by leader RNAs of bacterial lysine biosynthesis genes". Proc Natl Acad Sci USA. 100 (21): 12057–12062. doi:10.1073/pnas.2133705100. PMC 218712. PMID 14523230.
  6. ^ a b Serganov A, Huang L, Patel DJ (2008). "Structural insights into amino acid binding and gene control by a lysine riboswitch". Nature. 455 (7217): 1263–1267. doi:10.1038/nature07326. PMC 3726722. PMID 18784651.
  7. ^ Garst AD, Héroux A, Rambo RP, Batey RT (August 2008). "Crystal structure of the lysine riboswitch regulatory mRNA element". The Journal of Biological Chemistry. 283 (33): 22347–22351. doi:10.1074/jbc.C800120200. PMC 2504901. PMID 18593706.

외부 링크

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