KH 도메인

KH domain
KH 도메인
PDB 2anr EBI.png
인간 단백질 자경에서 나온 KH 도메인의 구조.
식별자
기호KH_1
PfamPF00013
Pfam 씨CL0007
인터프로IPR018111
스마트KH
SCOP21vig / SCOPe / SUPFAM
KH 도메인
식별자
기호KH_2
PfamPF07650
인터프로IPR004044
스마트KH
프로사이트PS50823

K Homology(KH) 영역은 인간 이질적인 핵 리보핵단백질(hnRNP) K에서 처음 확인된 단백질 영역이다.진화적으로 보존된 약 70개의 아미노산 배열로, KH 영역은 다양한 핵산 결합 단백질로 존재한다.KH 영역은 RNA를 결합하고 RNA 인식에서 기능할 수 있다.[1]그것은 여러 단백질에서 여러 개의 복사본에서 발견되는데, 여기서 그것들은 협력적이거나 독립적으로 기능할 수 있다.예를 들어, 4 KH 도메인을 가진 AU-rich 요소 RNA 결합 단백질 KSRP에서 KH 도메인 3과 4는 AU-rich RNA 표적들의 다른 영역과 상호작용하는 독립 결합 모듈로 작용한다.[1]FMR1의 첫 번째 KH 영역과 핵자기공명(NMR)에 의해 결정된 hnRNP K의 C-terminal KH 영역의 솔루션 구조는 베타-알파-알파-베타-베타-알파 구조를 드러냈다.[2][3]KH 도메인 단백질인 NOVA1에 대한 오토앤티비데이즈가 파라노플라스틱 오프로클로누스 아탁시아를 유발한다.KH 도메인은 리보솜 단백질 S3의 N단자에서 발견된다.이 도메인은 일반 KH 도메인과는 접이 다르다는 점에서 특이하다.[4]

핵산 결합

KH 도메인은 RNA 또는 단일 좌초된 DNA에 결합된다.핵산은 영역의 한쪽에 걸쳐 확장된 순응으로 묶여 있다.결합은 알파 나선 1, 알파 나선 2 GXXG 루프(고도로 보존된 시퀀스 모티브 포함)와 가변 루프 사이에 형성된 구획에서 발생한다.[5]결합 구획은 복합체를 안정화시키기 위해 다양한 추가적인 단백질 고유 상호작용과 함께 자연에서 소수성이 있다.발베르데와 동료들은 "단일 좌초 핵산 결합 모티브에 널리 퍼져 있는 핵산 베이스 대 단백질 방향족 사이드 체인 쌓기 상호작용은 KH 도메인 핵산 인식에 특히 결여되어 있다"고 지적했다.[5]

구조 그룹

KH 도메인의 두 가지 유형.

구조적으로 I형과 II형이라고 불리는 그리신이 식별한 KH 도메인의 두 가지 유형이 있다.[4]I형 도메인은 주로 진핵 단백질에서 발견되는 반면, II형 도메인은 주로 원핵생물에서 발견된다.두 타입 모두 최소한의 컨센서스 시퀀스 모티브를 공유하지만 구조 접힘은 다르다.타입 I KH 도메인은 3개의 좌초된 베타 시트를 가지고 있으며, 여기서 3개의 가닥은 모두 반병렬이다.타입 II 도메인에서 3개의 베타 가닥 중 2개는 평행 방향이다.I형 도메인은 보통 단백질 내에서 여러 개의 복사본에서 발견되지만, II형은 일반적으로 단백질당 하나의 복사본에서 발견된다.[5]

이 영역을 포함하는 인간 단백질

AKAP1; ANKHD1; ANKRD17; ASCC1; BICC1; DDX43; DDX53; DPPA5; FMR1; FUBP1; FUBP3; FXR1; FXR2; GLD1; HDLBP; HNRPK; IGF2BP1; IGF2BP2; IGF2BP3; KHDRBS1; KHDRBS2; KHDRBS3; KHSRP; KRR1; MEX3A; MEX3B; MEX3C; MEX3D; NOVA1; NOVA2; PCBP1; PCBP2;PCBP3; PCBP4; PNO1, PNPT1, QKI; SF1; TDRKH;

참조

  1. ^ a b García-Mayoral MF, Hollingworth D, Masino L, et al. (April 2007). "The structure of the C-terminal KH domains of KSRP reveals a noncanonical motif important for mRNA degradation" (PDF). Structure. 15 (4): 485–98. doi:10.1016/j.str.2007.03.006. PMID 17437720.
  2. ^ Musco G, Kharrat A, Stier G, et al. (September 1997). "The solution structure of the first KH domain of FMR1, the protein responsible for the fragile X syndrome". Nat. Struct. Biol. 4 (9): 712–6. doi:10.1038/nsb0997-712. PMID 9302998. S2CID 11166126.
  3. ^ Baber JL, Libutti D, Levens D, Tjandra N (June 1999). "High precision solution structure of the C-terminal KH domain of heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K, a c-myc transcription factor". J. Mol. Biol. 289 (4): 949–62. doi:10.1006/jmbi.1999.2818. PMID 10369774.
  4. ^ a b Grishin NV (February 2001). "KH domain: one motif, two folds". Nucleic Acids Res. 29 (3): 638–43. doi:10.1093/nar/29.3.638. PMC 30387. PMID 11160884.
  5. ^ a b c Valverde R, Edwards L, Regan L (June 2008). "Structure and function of KH domains". FEBS J. 275 (11): 2712–26. doi:10.1111/j.1742-4658.2008.06411.x. PMID 18422648.
이 글에는 공용 도메인 Pfam과 InterPro의 텍스트가 포함되어 있다: IPR004088