코바리온
Covarion| 레이트 = 1 | 레이트 = 0 | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A1 | G1 | C1 | T1 | A0 | G0 | C0 | T0 | |
| A1 | – | α | β | γ | δ | 0 | 0 | 0 |
| G1 | α | – | γ | β | 0 | δ | 0 | 0 |
| C1 | β | γ | – | α | 0 | 0 | δ | 0 |
| T1 | γ | β | α | – | 0 | 0 | 0 | δ |
| A0 | κδ | 0 | 0 | 0 | – | 0 | 0 | 0 |
| G0 | 0 | κδ | 0 | 0 | 0 | – | 0 | 0 |
| C0 | 0 | 0 | κδ | 0 | 0 | 0 | – | 0 |
| T0 | 0 | 0 | 0 | κδ | 0 | 0 | 0 | – |
코바리온, 또는 동시 가변 코돈의 방법은 일련의 뉴클레오티드 배열에서 개별 코돈에서의 분자 진화의 가설 속도를 자기 상관 방식으로 변화시키는 계산 계통학 기술이다.공바리온 모델 하에서 가설의 계통발생학적 나무의 다른 가지에서의 진화 속도는 자기 상관 방식으로 변화하며, DNA 또는 RNA 배열 세트의 다른 코돈 부위에서의 진화 속도는 분리되지만 자기 상관된 방식으로 변화한다.이것은 감마 분포와 같은 적절한 확률 분포에서 각 분기의 진화 속도를 무작위로 선택할 수 있는 단순한 기법 대 진화 속도에 대한 추가적이고 현실적인 제약을 제공한다.코바리온은 이질성의 보다 일반적인 개념의 구체적인 형태이다.
정적 데이터 집합에서 진화율이 높은 사이트를 식별하는 데 적합한 계산 알고리즘을 개발하는 것은 자기 상관의 제약으로 인해 어려운 일이다.방법의 원래 문장은 일시적인 고변동 코돈 사이트를 식별하기 위해 설계된 진화 과정의 대략적인 확률적 모델을 사용했다.주어진 DNA 또는 RNA 분자에 속도가 자기 상관되어야 한다는 요구사항을 포기하면 치환 매트릭스 방법을 공바리온 모델로 확장할 수 있다.
오른쪽의 매트릭스는 3 파라미터 Kimura 치환모델에 대한 공유기반의 수정을 나타냅니다.수직축은 원래 상태를, 수평축은 목적지 상태를 나타냅니다.두 가지 속도인 0과 1은 한 쌍의 돌연변이 상태를 정의한다. 상태 0과 상태 1 사이의 전환은 언제든지 발생할 수 있지만, 뉴클레오티드는 상태 1에서만 돌연변이를 일으킬 수 있다.즉, 상태 0의 돌연변이율은 0입니다.여기에서 α 및 β는 전이 및 전이 돌연변이의 표준 키무라 파라미터이며, β는 불변 사이트(상태 0)와 가변 사이트(상태 1) 간의 전이율, β는 가변 사이트(상태 1)와 불변 사이트(상태 0) 간의 전이율이다.뉴클레오티드 배열 자체는 0 또는 1 상태의 차이를 반영하지 않기 때문에 특정 뉴클레오티드의 관찰은 애매한 것으로 취급된다.즉, 특정 부위가 C뉴클레오티드를 포함하면 C0과 C1 상태 사이에서 애매하다.
레퍼런스
- 펠센슈타인 J. (2004)Phylogenies Sinauer Associates 추론:선덜랜드, 매사추세츠 주
- Fitch WM, Markowitz E.(1970) 유전자의 코돈 가변성을 결정하는 개량된 방법 및 진화에서의 돌연변이 고정 속도에 대한 그 응용.생화학 유전자 4: 579~593.PubMed(퍼브메드)
- Penny D, McComish BJ, Charleston MA, Hendy MD. (2001) 생화학적 사실주의 수학적 우아함:분자 진화의 공바리온 모델.J Mol Evol 53 : 711 ~723 。DOI
- Galtier N. (2001) 공바리온 유사 모델 하에서의 최대우도 계통발생학적 분석.몰 비올 에볼 18:866–873.풀텍스트
