CompTox 화학 대시보드

CompTox Chemicals Dashboard
CompTox 화학 대시보드
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내용
묘사환경 과학을 대상으로 하고 875,000개 이상의 화학 화합물, 특성, 생물 분석 데이터 및 관련 정보에 대한 액세스를 제공하는 화학 데이터베이스.검색
연락
연구소환경보호청
실험실.
  • 미국 컴퓨터 독물학 센터
주요 인용문콤프Tox Chemistry Dashboard: 환경 [1]화학을 위한 커뮤니티 데이터 리소스.
접근
웹 사이트comptox.epa.gov/dashboard
다운로드 URLcomptox.epa.gov/dashboard/downloads
여러가지 종류의
면허증.퍼블릭 도메인
데이터 릴리즈
빈도수.		6개월마다
큐레이션 정책수동 큐레이션

콤프Tox Chemicals Dashboard는 미국 환경보호청(EPA)이 만들고 유지 관리하는 자유롭게 액세스할 수 있는 온라인 데이터베이스입니다.데이터베이스는 물리화학적 특성, 환경적 운명과 수송, 피폭, 사용, 생체내 독성 및 시험관내 바이오아세이 등 다양한 유형의 데이터에 대한 접근을 제공한다.EPA와 다른 과학자들은 대시보드에 포함된 데이터와 모델을 사용하여 추가 시험이 필요한 화학물질을 식별하고 화학 시험에서 동물 사용을 감소시킨다.또한 대시보드는 EPA 실행 계획의 정보(예: 과불화 알킬화 물질)[2][3]에 대한 일반인 접근을 제공하기 위해 사용됩니다.

원래는 화학 대시보드라는 제목으로 2016년에 [4]첫 번째 버전이 출시되었습니다.데이터베이스의 최신 릴리스(버전 3.0.5)에는 875,000개 이상의 화학물질에 대한 수동 큐레이션 데이터가 포함되어 있으며 EPA의 독성 예측 물질(ToxCast) 고처리량 선별 [5]프로그램에서 생성된 최신 데이터가 포함되어 있다.화학 대시보드는 이전 EPA 데이터베이스의 데이터를 ToxCast 대시보드,[6] 내분비 파괴 스크리닝 프로그램(EDSP[7]) 대시보드 및 화학 및 제품 데이터베이스(CPDat)[8]를 포함한 하나의 패키지에 통합한다.

범위와 액세스

콤프Tox Chemicals Dashboard 데이터베이스에는 구조 [9]식별에 관여하는 분석 과학자의 자원으로 사용할 수 있는 고품질 화학 구조와 광범위한 큐레이션 및 품질 검사를 거친 정보가 포함되어 있습니다.

Bisphenol A에 대한 ToxCast 생물 활동 데이터 보기

대시보드의 화학적 위해성 데이터는 기존의 실험실 동물 연구와 높은 처리량 선별에서 가져온 것이다.높은 처리량 선별의 생물학적 데이터는 EPA의 ToxCast 프로그램에 [5]의해 생성되며, 데이터베이스의 ToxCast 데이터는 사용된 분석과 그 대응 효과 및 효과에 대한 정보를 제공한다.이러한 데이터는 생체 활동 탭에서 찾을 수 있습니다.

화학 대시보드는 웹 인터페이스를 통해 액세스하거나 그 안에 있는 데이터 세트를 다운로드하여 오프라인에서 사용할 수 있습니다.Lists 탭을 사용하여 특정 연구 주제(담배의 첨가물 또는 신경 발달 효과에 대한 영향을 보여주는 화학 물질 등) 또는 해당 대상이 되는 특정 분석 엔드포인트와의 관련성을 기반으로 관련 화학 물질 그룹을 탐색하고 다운로드할 수 있습니다.

온라인 대시보드 내에서 제품/사용 범주, 검사/유전자, 계통 이름, 동의어, CAS 번호, DSSTox 물질 ID 또는 InChiKey별로 검색을 수행할 수 있습니다.Advanced Search(고급 검색) 탭에서 화학 물질은 질량 또는 분자식을 기준으로 검색할 수 있습니다.화학명 CASRN, InCh에 따라 화학물질 그룹을 검색할 수도 있습니다.IKey, DSTox 물질 ID, DSTox 화합물 ID, InCh배치 검색 기능을 사용하여 IKey 스켈레톤, MS-Ready Formula, 정확한 Formula 또는 Monisotopic Mass.

기타 기능

Abstract Sifter 모듈

GenRA(Generalized Read-Across)라는 자동 읽기 도구가 화학 대시보드에 통합됩니다.GenRA는 Read-across 방법에 내재된 전문가의 고려사항을 유지하도록 설계되었지만 [10]독성을 예측하는 데 도움이 되는 화학 선택 프로세스를 자동화합니다.

또한 대시보드는 "추상 시프터"[11]의 웹 기반 버전, Google Scholar 및 EPA의 임시 피어 검토 독성 값(PPRTV) 및 EPA 통합 위험 정보 시스템(IRIS)의 보고서를 통해 PubMed와 같은 기존 과학 문헌 소스를 검색할 수 있다.

다중 물리화학적 특성과 독성 끝점에 대한 실시간 QSAR 예측은 예측 탭을 통해 이용할 수 있다.

질량분석 지원

MS-Ready 관계

대시보드는 질량 및 분자식을 기반으로 데이터베이스에 포함된 화학 데이터에 대한 검색을 제공하는 질량 분석 기능을 지원한다.대시보드가 "알 수 없는 알려진 것"[12]을 검색하는 비대상 분석에 적용되었습니다.표적 질량 분석과 비표적 질량 분석 모두 지원됩니다.이 검색은 "MS-Ready" 형태의 화학 화합물에 기초한 검색을 활용합니다.개별 화학물질을 질량분석으로 검출할 수 있는 형태로 분해하여 소금을 탈염 및 중화시키고 다성분 화학물질을 개별 [13]성분으로 분리한다.

「 」를 참조해 주세요.

Wikidata에는 다음 속성이 있습니다.

레퍼런스

  1. ^ Williams, Antony J.; et al. (2017-11-18). "The CompTox Chemistry Dashboard: a community data resource for environmental chemistry". Journal of Cheminformatics. 9 (1): 61. doi:10.1186/s13321-017-0247-6. PMC 5705535. PMID 29185060.
  2. ^ Keyt, Bryan; Lee, Thomas; Poplawski, Steven (27 March 2019). "EPA Announces Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) Action Plan: Overview and Next Steps". JD Supra. Retrieved 21 April 2019.
  3. ^ Patlewicz, G; et al. (Jan 2019). "A Chemical Category-Based Prioritization Approach for Selecting 75 Per- and Polyfluoroalkyl Substances (PFAS) for Tiered Toxicity and Toxicokinetic Testing". Environmental Health Perspectives. 127: 014501. doi:10.1289/EHP4555. PMC 6378680. PMID 30632786.
  4. ^ Williams, Antony J.; Grulke, Christopher M.; Edwards, Jeff; McEachran, Andrew D.; Mansouri, Kamel; Baker, Nancy C.; Patlewicz, Grace; Shah, Imran; Wambaugh, John F. (2017-11-28). "The CompTox Chemistry Dashboard: a community data resource for environmental chemistry". Journal of Cheminformatics. 9 (1): 61. doi:10.1186/s13321-017-0247-6. ISSN 1758-2946. PMC 5705535. PMID 29185060.
  5. ^ a b US EPA, ORD (2015-08-21). "Toxicity Forecasting". US EPA. Retrieved 2019-04-22.
  6. ^ US EPA, ORD (2017-11-01). "Exploring ToxCast Data". US EPA. Retrieved 2019-04-22.
  7. ^ US EPA, OCSPP (2015-08-14). "Endocrine Disruptor Screening Program (EDSP) in the 21st Century". US EPA. Retrieved 2019-04-22.
  8. ^ US EPA, ORD (2016-08-04). "Chemical and Products Database (CPDat)". US EPA. Retrieved 2019-04-22.
  9. ^ US EPA, ORD (2018-04-30). "Structure Identification Using the EPA's CompTox Chemistry Dashboard". US EPA. Retrieved 2019-04-23.
  10. ^ US EPA, ORD (2018-09-25). "New GenRA Module in EPA's CompTox Dashboard Will Help Predict Potential Chemical Toxicity". US EPA. Retrieved 2019-04-23.
  11. ^ Baker, N; et al. (Dec 2017). "Abstract Sifter: a comprehensive front-end system to PubMed". F1000Research. 6: 2164. doi:10.12688/f1000research.12865.1. PMC 5801564. PMID 29479422.
  12. ^ McEachran, AD; Sobus JR C; Williams AJ (Dec 2016). "Identifying known unknowns using the US EPA's CompTox Chemistry Dashboard". Analytical and Bioanalytical Chemistry. 409 (7): 1729–1735. doi:10.1007/s00216-016-0139-z. PMID 27987027. S2CID 31754962.
  13. ^ McEachran, AD; et al. (Aug 2018). ""MS-Ready" structures for non-targeted high-resolution mass spectrometry screening studies". Journal of Cheminformatics. 10 (1): 45. doi:10.1186/s13321-018-0299-2. PMC 6117229. PMID 30167882.