제2종 박테리오신

Class II bacteriocin
제2종 박테리오신
PDB 2leu EBI.jpg
IIa 박테리오신의 [1]일종인 류코신 A의 3차원 구조.
식별자
기호.박테리오신_2세
팜PF01721
인터프로IPR002633
프로 사이트PDOC60030
SCOP23류 / SCOPe / SUPFAM
TCDB1. C.24
OPM 슈퍼 패밀리141
OPM단백질1인치

Class II 박테리오신은 다양한 박테리아의 성장을 억제하는 작은 펩타이드의 한 종류이다.

많은 그램 양성 박테리아는 박테리오신이라 불리는 리보솜 합성 항균 펩타이드를 생산한다.

디술피드 결합이 펩타이드의 유일한 변성인 박테리오신은 Class II 박테리오신이다.

클래스 IIa

박테리오신의 한 가지 중요하고 잘 연구된 클래스는 젖산 박테리아에 의해 생성된 IIa 클래스 또는 페디오신 유사 박테리오신입니다.모든 등급 IIa 박테리오신은 식품 관련 균주에 의해 생산되며, 육류 제품, 유제품 및 채소를 포함한 산업 및 자연 유래의 다양한 식품으로부터 격리된다.Class IIa 박테리오신은 모두 양이온성으로 항리스테리아 활성을 나타내며 세포막을 [2][3][4]투과시켜 표적세포를 죽인다.

Class IIa 박테리오신은 37~48개의 [5]잔류물을 함유하고 있다.클래스 IIa 박테리오신의 펩타이드 사슬은 대략 친수성, 양이온성 및 보존성이 높은 N 말단 영역과 보존성이 낮은 소수성/암피필성 C 말단 영역의 2가지 영역으로 나눌 수 있다.N-말단 영역에는 보존된 Y-G-N-G-V/L 'pediocin box' 모티브와 2개의 보존된 시스테인 잔기가 디술피드 브릿지로 결합되어 있다.보존된 이황화물 브릿지에 의해 지지되는 3가닥 반평행 베타 시트를 형성합니다.이 양이온성 N 말단 베타 시트 도메인은 표적 세포막에 대한 IIa 박테리오신의 결합을 매개한다.C 말단 영역은 표적 세포막의 소수성 부분에 침투하는 머리핀 모양의 도메인을 형성하여 막에 의한 누출을 매개한다.2개의 도메인은 힌지에 의해 결합되어 [3][4]서로 상대적인 도메인 이동을 가능하게 합니다.

Class IIa 박테리오신 계열에 속하는 것으로 알려진 단백질은 다음과 같습니다.

클래스 IIb

IIb 박테리오신
식별자
기호.항균제 17
팜PF08129
빠맘 클랜CL0400
인터프로IPR012950
TCDB1. C.25
OPM 슈퍼 패밀리219
OPM단백질2평방미터

클래스 IIb 박테리오신(2펩타이드 박테리오신)은 활성을 위해 두 가지 다른 펩타이드가 필요하다.알파 엔테로신 및 락토코신 G펩타이드를 포함한다.이러한 펩타이드는 항균 특성을 가지고 있으며, 장구균 및 기타 몇 가지 그램 양성 박테리아의 성장을 억제합니다.이 펩타이드들은 세포막 채널을 만드는 모공 형성 독소로 작용하여 세포에서[8] 이온 불균형을 일으킨다.

클래스 IIc

박테리오신_IIc
PDB 1o82 EBI.jpg
ph 4.5 황산염 결합 형태에서 박테리오신 As-48의 X선 구조
식별자
기호.박테리오신_IIc
팜PF09221
인터프로IPR009086
SCOP21o82 / SCOPe / SUPFAM
TCDB1. C.28
OPM 슈퍼 패밀리77
OPM단백질1o82

다른 II급 박테리오신은 IIc(원형 박테리오신)로 분류할 수 있다.이것들은 막 투과성, 세포벽 형성 및 표적 세포의 페로몬 작용에 광범위한 영향을 미친다.특히 박테리오신 AS-48은 에우박테리아 엔테로코커스 페칼리스(Streptococcus faecalis)에 의해 생성되는 고리형 펩타이드 항생물질로 그람양성균과 그람음성균 모두에 대해 광범위한 항균 스펙트럼을 나타낸다.박테리오신 AS-48은 페로몬 응답 플라스미드 pMB2에 의해 코드화되어 이온 누출 및 세포 [9]사멸을 일으키는 모공을 여는 플라즈마막에 작용한다.박테리오신 AS-48의 구상 구조는 소수성 코어를 둘러싼 5개의 알파 헬리크로 구성되어 있습니다.포유류 NK-리신 이펙터 단백질인 T와 천연 킬러 세포는 박테리오신 AS-48과의 배열 상동성이 결여되어 있으나 구조는 유사하다.

레퍼런스

  1. ^ Fregeau Gallagher NL, Sailer M, Niemczura WP, Nakashima TT, Stiles ME, Vederas JC (December 1997). "Three-dimensional structure of leucocin A in trifluoroethanol and dodecylphosphocholine micelles: spatial location of residues critical for biological activity in type IIa bacteriocins from lactic acid bacteria". Biochemistry. 36 (49): 15062–72. doi:10.1021/bi971263h. PMID 9398233.
  2. ^ Ennahar S, Sonomoto K, Ishizaki A (1999). "Class IIa bacteriocins from lactic acid bacteria: antibacterial activity and food preservation". J. Biosci. Bioeng. 87 (6): 705–16. doi:10.1016/S1389-1723(99)80142-X. PMID 16232543.
  3. ^ a b Fimland G, Nissen-Meyer J, Johnsen L (2005). "The C-terminal domain of pediocin-like antimicrobial peptides (class IIa bacteriocins) is involved in specific recognition of the C-terminal part of cognate immunity proteins and in determining the antimicrobial spectrum". J. Biol. Chem. 280 (10): 9243–50. doi:10.1074/jbc.M412712200. PMID 15611086.
  4. ^ a b Dalhus B, Fimland G, Nissen-Meyer J, Johnsen L (2005). "Pediocin-like antimicrobial peptides (class IIa bacteriocins) and their immunity proteins: biosynthesis, structure, and mode of action". J. Pept. Sci. 11 (11): 688–96. doi:10.1002/psc.699. PMID 16059970. S2CID 38561151.
  5. ^ Simon L, Fremaux C, Cenatiempo Y, Berjeaud JM (2002). "Sakacin g, a new type of antilisterial bacteriocin". Appl. Environ. Microbiol. 68 (12): 6416–20. doi:10.1128/AEM.68.12.6416-6420.2002. PMC 134399. PMID 12450870.
  6. ^ Zhu, Liyan; Zeng, Jianwei; Wang, Chang; Wang, Jiawei (2022-02-08). "Structural Basis of Pore Formation in the Mannose Phosphotransferase System by Pediocin PA-1". Applied and Environmental Microbiology. 88 (3): e0199221. doi:10.1128/AEM.01992-21. ISSN 1098-5336. PMC 8824269. PMID 34851716.
  7. ^ Zhu, Liyan; Zeng, Jianwei; Wang, Jiawei (2022-06-15). "Structural Basis of the Immunity Mechanisms of Pediocin-like Bacteriocins". Applied and Environmental Microbiology: e0048122. doi:10.1128/aem.00481-22. ISSN 1098-5336. PMID 35703550.
  8. ^ Balla E, Dicks LM, Du Toit M, Van Der Merwe MJ, Holzapfel WH (April 2000). "Characterization and cloning of the genes encoding enterocin 1071A and enterocin 1071B, two antimicrobial peptides produced by Enterococcus faecalis BFE 1071". Appl. Environ. Microbiol. 66 (4): 1298–304. doi:10.1128/aem.66.4.1298-1304.2000. PMC 91984. PMID 10742203.
  9. ^ González C, Langdon GM, Bruix M, Gálvez A, Valdivia E, Maqueda M, Rico M (October 2000). "Bacteriocin AS-48, a microbial cyclic polypeptide structurally and functionally related to mammalian NK-lysin". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 97 (21): 11221–6. Bibcode:2000PNAS...9711221G. doi:10.1073/pnas.210301097. PMC 17181. PMID 11005847.

추가 정보

  1. Papathanasopoulos, M. A.; Dykes, G. A.; Revol-Junelles, A. M.; Delfour, A.; Von Holy, A.; Hastings, J. W. (1998). "Sequence and structural relationships of leucocins A-, B- and C-TA33a from Leuconostoc mesenteroides TA33a". Microbiology. 144 (5): 1343–1348. doi:10.1099/00221287-144-5-1343. PMID 9611809.
  2. Fregeau Gallagher, N. L.; Sailer, M.; Niemczura, W. P.; Nakashima, T. T.; Stiles, M. E.; Vederas, J. C. (1997). "Three-Dimensional Structure of Leucocin a in Trifluoroethanol and Dodecylphosphocholine Micelles: Spatial Location of Residues Critical for Biological Activity in Type IIa Bacteriocins from Lactic Acid Bacteria†,‡". Biochemistry. 36 (49): 15062–15072. doi:10.1021/bi971263h. PMID 9398233.

외부 링크

Class II 박테리오신 및 관련 제품군은 Pfam 및 InterPro에 다음과 같이 다양하게 기록된다.

팜 Pfam 기호 인터프로 InterPro 기호
PF08129 항균제 17 InterPro: IPR012950 알파_엔테로신/락토코신
PF01721 박테리오신_II InterPro: IPR002633 박테리오신_IIa
PF10439 박테리오신_IIc InterPro: IPR019493 박테리오신_IIb_lactacin-rel
PF12173 박테리오스IIc_cy InterPro: IPR020970 박테리오신_IIc
PF04369 락토코신 InterPro: IPR007464 박테리오신_IId
PF04604 L_biotic_typea InterPro: IPR007682 란티바이오틱스_표준-A_락토박트

이름이 일치하지 않을 수 있습니다.

이 문서에는 퍼블릭 도메인 Pfam 및 InterPro: IPR002633의 텍스트가 포함되어 있습니다.