바크 다이브

BacDive
바크 다이브
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내용
묘사세균 및 고고학 변종에 관한 정보
데이터형
발동.		메타데이터
연락
연구소라이프니츠 연구소 DSMZ - 독일 미생물 및 세포 배양 Gmb 컬렉션h
주요 인용문PMID 26424852
발매일2012
접근
웹 사이트http://bacdive.dsmz.de/
웹 서비스 URLhttp://bacdive.dsmz.de/api/

BacDive(세균 다이버시티 메타다베이스)는 세균 및 고고 생물 다양성에 대한 변형 관련 정보를 제공하는 세균 메타다베이스입니다.

서론

BacDive는 분류법, 형태학, 생리학, 환경, 분자생물학 등 다양한 종류의 메타데이터를 위한 자원입니다.[1][2][3][4][5][6] 대부분의 데이터는 수동으로 주석을 달고 큐레이팅됩니다.2018년 7월 출시와 함께 BacDive는 63,669개의 [7]균주에 대한 정보를 제공합니다.데이터베이스는 라이프니츠 연구소 DSMZ - 독일 미생물 및 세포 배양 컬렉션 GmbH에 의해 주최되며 de의 일부입니다.NBI, 독일 생물정보학 인프라 네트워크.

콘텐츠 및 기능

데이터베이스

2018년 7월 데이터베이스 공개에는 "이름 및 분류학적 분류", "형태 및 생리학", "문화 및 성장 조건", "격리, 표본 추출 및 환경 정보", "응용 및 상호작용", "분자생물학", "균형 가용성" 등의 범주로 구분된 600개 이상의 데이터 필드가 포함되었다.데이터베이스는 712,958개의 항목으로 구성되어 있으며, 해당 변형률 및 [7]참조에 링크되어 있습니다.이 데이터는 문화 컬렉션의 내부 설명, 변종에 대한 전문가 편집 요약 및 1차 과학 문헌에서 검색됩니다.

데이터 액세스

데이터는 GUI 또는 RESTful 웹 서비스를 통해 액세스할 수 있습니다.사용자는 GUI를 사용하여 분류법이나 변형 ID와 같은 메인 필드를 검색하기 위한 단순한 검색 또는 130개의 데이터 필드를 검색할 수 있는 고급 검색을 사용할 수 있으며 여러 필드를 결합하여 복잡한 쿼리를 수행할 수 있습니다.데이터는 PDF 형식(단일 균주의 경우) 또는 더 큰 데이터 세트(복수 균주의 경우)에 CSV 형식으로 다운로드할 수 있습니다.웹 서비스 포털을 통해 BacDive 콘텐츠뿐만 아니라 분류군 참조 목록인 원핵생물 명명법 최신 정보에 액세스할 수 있습니다.

기타 데이터베이스

BacDive의 초점을 벗어난 데이터의 경우 스트레인 관련 데이터를 제공하는 다른 데이터베이스 링크가 제공됩니다.

레퍼런스

  1. ^ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (October 13, 2013). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D592–D599. doi:10.1093/nar/gkt1058. PMC 3965005. PMID 24214959.
  2. ^ Fernández-Suárez, X. M.; Rigden, D. J.; Galperin, M. Y. (December 5, 2013). "The 2014 Nucleic Acids Research Database Issue and an updated NAR online Molecular Biology Database Collection". Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D1–D6. doi:10.1093/nar/gkt1282. PMC 3965027. PMID 24316579.
  3. ^ Cohan lab (October 23, 2015). "DSMZ's BacDive Bacterial Diversity Database".
  4. ^ Abu-Jamous, Basel; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Integrative Cluster Analysis in Bioinformatics. John Wiley & Sons. p. 448. ISBN 9781118906552.
  5. ^ Zhulin, I. B. (August 1, 2015). "Databases for Microbiologists". Journal of Bacteriology. 197 (15): 2458–2467. doi:10.1128/JB.00330-15. PMC 4505447. PMID 26013493.
  6. ^ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (September 30, 2015). "BacDive - The Bacterial Diversity Metadatabase in 2016". Nucleic Acids Research. 44 (Database issue): D581–D585. doi:10.1093/nar/gkv983. PMC 4702946. PMID 26424852.
  7. ^ a b Reimer, LC; Vetcininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J (September 17, 2018). "BacDive in 2019: bacterial phenotypic data for High-throughput biodiversity analysis". Nucleic Acids Research. 47 (Database issue): D631–D636. doi:10.1093/nar/gky879. PMC 6323973. PMID 30256983.

외부 링크

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